Do wykonania studni głębinowej na potrzeby zwykłego korzystania z wód o głębokości do 30 m, a także do poboru wód w ilości do 5 m3 nie wymaga się pozwoleń wodno-prawnych, dokumentacji hydrogeologicznej ani rejestracji.

Obowiązek uzyskania pozwolenia na budowę studni głębinowej i pobór wód podziemnych zachodzi w przypadku ujęć objętych szczególnym korzystaniem z wody - np. w celu nawadniania gruntów i upraw przy pomocy deszczowni, na potrzeby działalności gospodarczej oraz pobór wody w ilości przekraczającej 5,0 m3. Pozwolenia wymagają również studnie głębinowe o głębokości przekraczającej 30 m.

Do wniosku o pozwolenie na budowę studni głębinowej należy dołączyć dokumentację hydrogeologiczną. Organ gospodarki wodnej, po określeniu celu i zakresu używania wód podziemnych, uwzględnia w pozwoleniu ilość pobieranej wody - maksymalną na godzinę i średnią na dobę, tak aby pobór nie przekraczał możliwości eksploatacyjnych studni. W przypadku ujęć wielootworowych należy wyznaczyć studnie podstawowe i awaryjne - również ich używanie nie powinno przekraczać możliwości eksploatacyjnych poszczególnych studni.

Pozwolenie wodnoprawne zawiera ponadto wytyczne co do sposobu i zakresu pomiarów ilości i jakości pobieranej wody, pomiarów wydajności i poziomów występowania zwierciadła wody, a także ustalenia dotyczące stref ochronnych, wyznaczonych stosownie do warunków hydrogeologicznych.

Wniosek i odpowiednia dokumentacja stanowi podstawę do wystąpienia do starosty lub prezydenta o pozwolenie na pobór wód, a tym samym budowę urządzeń wodnych. Oprócz tego należy uwzględnić przepisy Prawa budowlanego i zgłosić zamiar wykonania obudowy studni do wydziału architektury i budownictwa, na 30 dni przed przystąpieniem do budowy studni.

Według rozporządzenia Ministra Rolnictwa z 1978 roku właściciel studni, która wymagała pozwolenia wodnoprawnego, miał obowiązek prowadzenia tzw. książki eksploatacji studni. Aktualne przepisy tego nie wymagają, niemniej nadal zaleca się jej prowadzenie. Dokument ten rejestruje okresowe pomiary i obserwacje zwierciadła wody, stan pomp, wyniki analiz wody czy informacje o przedmiotach utopionych w studni, co pomaga poprawnie ocenić stan techniczny ujęcia.

Pozwolenie na budowę studni głębinowej nabiera mocy po 14 dniach od wydania decyzji.